| 物种调查 |
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| 鸟类调查 |
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莲花山拥有丰富的鸟类资源，已记录的鸟类达到170多种，显示出极高的鸟类多样性。由于周边地区相对恶劣的自然环境，莲花山的茂密森林成为很多迁徙候鸟的停歇地。莲花山的鸟类栖息地复杂多样，包括清澈的小溪、散布的湿地、茂密的灌丛、亚高山草甸和陡峭的岩壁……
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| 哺乳动物调查 |
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保护区尚未对哺乳动物进行系统的研究。综合见到的个体、动物留下的足迹以及粪便，发现有蹄类动物包括狍子和鬣羚。保护区的职工还见过林麝和盘羊。保护区还曾是岩羊和羚牛的分布区，但现在这些物种已经濒临灭绝或早已灭绝。
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| 其他动物调查 |
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保护区内鱼类、两栖类、爬行类以及无脊椎动物的资料更为缺乏，只有零星的记录，如在沙河滩的森林中生活着中国林蛙（Rana chensinensis），在保护区管理局边观察到狼蛛（Lycosa sp.）等。希望将来能对保护区的各种动物进行更深入的研究，搞清楚它们的丰富度和种群生存状态。
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