在中国有12个特有鸟区(Endemic Bird Areas)，一定程度上说明了中国是鸟类多样性的热点地区。在这些特有鸟区中，环青藏高原东部的森林是最值得关注的，那里生存着大约30种的特有鸟类，而莲花山自然保护区正处于这片森林的北部。在莺类、山雀类、鸦雀类、朱雀类、鹛类等诸多鸟类类群中，许多是分布狭窄，数量稀少的受胁物种。

　　莲花山位于青藏高原的东面，这里是属于独特的辖区，在这块有限而独特的小生境扮演着重要的角色。这里的雨量少，植物的物种也是有限的，同类物种也在逐渐的减少。以柳莺属Phylloscopus鸟类为例，它是中国最丰富的物种包括欧亚大陆以及南面大约30种，而莲花山只要拥有10种，其中包括分布相当狭窄的甘肃柳莺。

凤头雀莺

红交嘴雀