目前，动物研究所拥有2个全国重点实验室、2个国家科技资源共享服务平台（资源库）、1个国家重大科技基础设施（在建）、1个国家野外科学观测研究站（在建）、1个中国科学院科教基础设施（在建）和1个博物馆。动物研究所聚焦“健康中国”“美丽中国”国家战略，面向人口健康、现代农业和生物多样性保护国家重大需求，谋划布局抢占“器官再生与智造”“动物多样性保护与有害动物防控”两大科技制高点，将科技前沿问题和国家重大战略需求结合，建设器官再生与智造全国重点实验室和动物多样性保护与有害动物防控全国重点实验室，加强体系化、建制化协同，组织核心团队和优势集群集中攻关。充分发挥国家干细胞资源库、国家动物标本资源库、陕西秦岭大熊猫金丝猴国家野外科学观测研究站、“人类器官生理病理模拟装置”等国家级大平台优势，有组织地推进战略导向的体系化基础研究、前沿导向的探索性基础研究、市场导向的应用性基础研究，提升整体原始创新能力。

作为我国干细胞研究以及生殖生物学基础研究的“开创者”和“引领者”，动物所做出众多开创性成果。系统揭示干细胞干性与功能调控机制，创建多种新型干细胞；突破人工胚胎构建及生命体外孕育极限；系统揭示器官衰老退变机制，发现再生干预靶点；开发系列基因编辑及干细胞底层原创技术，支撑产业发展；研发我国首个多能干细胞药物，推动我国干细胞药物研发步入国际领先水平；发布干细胞领域首个国际标准，保障我国干细胞产业平稳快速发展。

作为我国动物多样性保护与有害动物防控领域的“领头雁”和“压舱石”，动物所服务生态安全和粮食安全重大需求，牵引动物多样性与有害动物防控学科发展。破译飞蝗种群暴发机制；解析生物间多元互作机制；揭示珍稀旗舰物种濒危机制；引领行为适应策略理论前沿；引领我国动物资源调查与分类学研究；揭示动物多样性进化与适应策略；构建共生入侵理论与生态调控技术体系；突破绿色综合防控关键技术并实现产业化。

近年来，“哺乳动物多能性干细胞的建立与调控机制研究”“飞蝗两型转变的分子调控机制研究”“大熊猫适应性演化与濒危机制研究”等3项成果获得国家自然科学奖二等奖；“证实单倍体孤雄干细胞具有可替代精子和快速传递基因修饰的能力”“发现精子RNA可作为记忆载体将获得性性状跨代遗传”“深度解析多器官衰老的标记物和干预靶标”“揭示鸟类迁徙路线成因和长距离迁徙关键基因”“揭示人类基因组暗物质驱动衰老的机制”等5项成果入选年度“中国科学十大进展”；“精子tsRNAs可作为记忆载体介导获得性性状跨代遗传”“m6A甲基化修饰调控脊椎动物造血干细胞命运决定”“灵长类动物发育和寿命调控关键通路获揭示”“LincGET不对称表达引发小鼠2-细胞期胚胎细胞的命运选择”“蝗虫聚群成灾的奥秘”“器官衰老的机制及调控”“揭开鸟类长距离迁徙之谜”“哺乳动物染色体工程新技术与染色体人工演化”“衰老的程序性机制及重置策略”“揭开灵长类早期胚胎发育黑匣子”“衰老的时空编程及干预“等11项成果入选年度“中国生命科学十大进展”。