目前，动物研究所拥有3个国家重点实验室、2个院重点实验室和1个国家动物博物馆，动物系统学与进化、保护生物学、整合生物学、生殖生物学、细胞膜生物学等在国家、院层面具有鲜明学科特色；农业虫鼠害可持续控制，外来物种及野生动物疫病预警与防控、生殖避孕与动物克隆、珍稀濒危动物保护等方面具有明显的优势，并符合国家战略需求，在生殖生物学、保护生物学、整合生物学、系统进化等科学研究的前沿领域也取得多项基础性、前沿性的重大创新性贡献。2002-2015年，动物研究所（第一主持单位）有6项科技成果获得国家科技奖。
中国科学技术信息研究所2015年10月21日发布的“中国科技论文统计结果”显示，动物研究所2014年国际论文被引用篇数在全国研究机构中排名第19位（2005-2014年SCI数据库收录的动物研究所论文截至2015年9月累计被引用2223篇，被引用22342次）；年度“表现不俗论文”数量149篇（占2014年动物研究所发表论文数的56.87%），排名第20名；SCIE数据库收录论文数量排名第25位。
《中国科学院生物类研究所论文与引文统计》（2010-2015）报告表明，动物研究所在2010-2015年以全部著者和第一著者被收录SCI论文数量分别为2591篇和1537篇，分别位居中国科学院生物类研究所第3名和第2名；2010-2015年在JCR各主题领域影响因子TOP10%期刊发文量及被引频次（SCI第一著者）分别位居中国科学院生物类研究所第2名和第4名；2009-2014年在JCR各主题领域影响因子TOP30%期刊发文量及被引频次（SCI第一著者）分别位居中国科学院生物类研究所第3名和第5名。
2015年12月17日，Nature发布了Nature Index 2015 China，分析了2012-2014年中国三年的研究成果，并根据WFC（Weighted Fractional Count）评分评选出了中国排名前五十的生命科学研究机构（Top 50 Institutions in Life Sciences）。动物研究所在其中排名第14位，并在中科院生命科学领域研究所中排名第3位。
在重要研究论文和产出方面，近年来一批高水平研究成果的问世极大地提高了动物研究所的学术影响和学术地位。
在细胞编程与重编程方面，利用CRISPR-Cas技术首次在重要模式动物大鼠上实现了多基因同步敲除，并证明此技术引入的基因修饰可通过生殖细胞传递到下一代，该突破对于推动利用大鼠进行基因功能研究和大鼠在生物医学研究中的应用具有重要作用（Li et al., Nature Biotechnology, 2013）；利用果蝇和斑马鱼为模式，发现Smurf通过位点特异性的泛素化修饰Ptc蛋白，正调控Hh信号通路活性，这一机制有利于生物体内信号受体细胞对外源Hh信号进行有效解读，并在维持信号的稳定传递上起重要作用（Huang et al., PLoS Biology, 2013）；成功建立了大鼠单倍体胚胎干细胞系，并证明其在长期培养过程中仍可维持单倍性和多能性，这一工作将对人类疾病模型研发和开展基因功能研究起到重要的推动作用（Li et al., Cell Stem Cell, 2014）；创造出一种新型干细胞——异种杂合二倍体胚胎干细胞 ，这是首例人工创建的、能以稳定二倍体形式存在的异种杂合胚胎干细胞，包含大鼠和小鼠基因组各一套，为从天然存在生殖隔离的物种制备包含稳定二倍体基因组的杂交干细胞提供了新方法（Li et al., Cell, 2016）。
在有害动物调控机制方面，成功破译迄今世界最大动物基因组—飞蝗基因组图谱并揭示其食性、迁飞和群聚的奥秘，为更好的揭示蝗灾爆发机制以及开发可持续性治理策略和新的控制方法提供了宝贵的基因组资源，也为推动蝗虫成为研究人类疾病和行为的生物医学模型奠定了重要的基础（Wang et al., Nature Communications, 2014）；基于多年研究成果的积累，从蝗虫型多态现象的进化、型变的分子基础和调控机制等方面系统阐述了近十年来在蝗虫型变分子调控机制的研究进展，并提出了未来研究中要面临的挑战和机遇，对于加深人们对蝗虫型变机制的理解以及蝗灾可持续治理新策略和新方法的开发，都具有重大意义（Wang X. H. & Kang L., Annual Review of Entomology, 2014）；证实了在蝗虫中MicroRNA-276通过上调brm促进了卵孵化同步，不仅为蝗虫种群增长预测提供启示，而且为生物节律、生物一致性研究提供了新线索，也揭示了miRNA上调靶基因的新机制（He et al., PNAS, 2016）；全面系统阐述了关于红脂大小蠹入侵机制和综合防控理论（Sun et al., Annual Review of Entomology, 2013）；在松材线虫转型发育及其与媒介天牛-蓝变菌共生互作方面取得新进展（Zhao et al., Current Biology, 2013; Zhao et al., Eoclogy, 2013） 。
在动物进化与保护方面，重建了大熊猫800万年的种群分化历史，指出虽然现生大熊猫的三个遗传种群均具较高的遗传多样性和进化潜力，但是其栖息地破碎化现状及隔离种群间有限的基因流再得不到有效改善，他的遗传多样性将会在未来缓慢丧失（Zhao et al., Nature Genetics, 2013; Zhu et al., Eoclogy, 2013）；并进一步从形态、行为、生理、遗传和基因组等方面系统揭示了大熊猫维持异常低能量代谢的机制（Nie et al., Science, 2015）；从基因组水平进一步确证了地山雀是“山雀”而非“鸦”，并发其基因组中与能量代谢相关的基因家族发生了扩张、与免疫和嗅觉相关的基因家族发生了收缩以及与低氧反应和骨骼发育相关的基因经历了正向选择和不同程度的快速进化，揭示了地山雀为适应青藏高原的特殊环境，产生了基本的生存适应策略演化（Qu et al., Nature Communications, 2013）。
更新时间：2016-4-25
