面对国家在野生动物疾病领域的严峻形势，动物所及时调整学科布局，果断决定将“野生动物疫病预警与防控研究”作为研究所新的重大战略布局，并与主管全国野生动物的国家林业局开展密切合作，于2004年4月成功推动中科院与国家林业局共同向国务院提交建立“全国陆生野生动物疫病监测预警体系”申请报告。同年，动物所联合国内6家相关研究机构共同成立了“动物疫病研究中心”，为我国的动物疫病管理和决策提供科学依据。

2004年我国突发高致病性禽流感疫情后，动物所紧急启动了候鸟禽流感疫源性研究课题，并从任务设计、学科规划、队伍配备、组织协调、技术支持和政策环境等几个方面给予了强有力的支持。受国家林业总局的委托，“动物疫病研究中心”雷富民研究员（第一共同作者）与中国农业大学、中国科学院微生物所等国内数家研究单位联合对青海湖野生候鸟死亡事件进行了调查，并从青海湖斑头雁、渔鸥、棕头鸥分离到高致病性禽流感病毒H5N1亚型。对H5N1病毒基因组序列的分析表明：代表禽流感病毒高致病率的三个"毒力岛"在这些毒株中是存在的。如血凝素的富含碱性氨基酸的酶切位点；神经氨酸苷酶20个氨基酸的缺失与病毒复制有关的重要蛋白PB2氨基酸上的突变。根据分析所感染水禽的可能迁徙路线以及病毒基因组的分子进化分析发现，该病毒可能是经过了重排的一种病毒，而且有可能是通过迁徙鸟从东南亚带来青海湖的。候鸟携带的这种高致病性 H5N1病毒可能会随着候鸟的迁徙活动传播到东南亚广泛地区，甚至会扩散到欧洲国家。该研究结果