为纪念博士后制度实施20周年，宣传表彰在各条战线、各个领域做出突出贡献的博士后研究人员和博士后工作先进单位、先进个人，明确今后博士后事业的工作重点和发展方向，2005年10月21日，由人事部、全国博士后管委会组织的全国优秀博士后表彰大会在人民大会堂隆重举行。国务院总理温家宝，国家副主席曾庆红，全国人大副委员长路甬祥，国务委员华建敏，国务委员陈至立，中央书记处书记贺国强，全国政协副主席徐匡迪出席表彰大会。温家宝总理做了重要讲话。晚上，中国科学院党组副书记、常务副院长白春礼接见和宴请了中国科学院获奖集体和个人。

本次表彰会上，共有127名同志被授予“全国优秀博士后”荣誉称号，共有73个集体被授予“全国优秀博士后科研流动站”，共有22个集体被授予“全国优秀博士后科研工作站”，共有30位同志被授予“全国优秀博士后管理工作者”荣誉称号。

中国科学院动物研究所被授予“全国优秀博士后科研流动站（生物学）”（全国共有4个生物学优秀博士后流动站，其中中国科学院有2个）。孙青元研究员被授予“全国优秀博士后”荣誉称号。

1981年，国务院学位委员会批准动物研究所为我国首批具有博士、硕士学位授予权单位；1988年经全国博士后管委会批准建立博士后科研流动站；1997年后连续两次被评为中国科学院博士生重点培养基地；1998年被国务院学位委员会批准为一级学科（生物学）博士、硕士学位授予权单位；2003年，动物研究所在全国一级学科生物学学科研究生培养质量评估中整体水平排名第二。

在2002-2004年期间，动物所共出站39名博士后，其中1人入选“长江学者”特聘教授，3人获国家杰出青年基金，2人或中国青年科技奖，3人入选“国家百千万人才计划”，1人享受国务院特殊津贴，13人被聘为教授或研究员。动物所研究生教育工作自2003年取得全国评估优异成绩之后，再次获得“全国优秀博士后科研流动站”荣誉称号，显示中国科学院动物研究所已成为我国生物科学高级人才培养的重要基地。

近年来，在中国科学院知识尝新工程的推动下，动物园检索核心科技竞争力迅速攀升。动物所在农业虫鼠害治理、外来物种防控、动物疫病及动物克隆等领域取得一系列重大成果。2001年以来，动物所作为第一完成单位取得国家二等奖4项（含2项2005年公告）；发表Nature/Science论文7篇（其中，第一或共同第一作者或单位3篇）；2003年，动物所发表SCI论文在全国4000多家科研机构和高等院校中排名第4。2001-2004年，动物所以第一作者单位发表的SCI论文在全球48家动物学研究机构中（仅有5家为发展中国家）排名第3；影响因子总和排名第11。动物所在国内率先取得成年体细胞克隆牛群体；与法国合作，取得世界首例克隆大鼠。最近，动物所研究生李文东发现蝙蝠为类SARS病毒自然宿主，已经成果发表在Science上。目前，动物所国际影响不断扩大，5个国际组织（如国际动物学会）挂靠在动物研究所，37位科研人员担任国际组织重要职务，12人次担任国际刊物编委，2人获得国际奖。

近期，动物所按照院党组的统一部署，制定了研究所中长期发展战略和规划，提出了知识创新工程三期的实施方案。在未来15年，动物所提出了实现“一流的成果，一流的效益一流的人才，一流的管理”的战略目标。到2020年，力争将动物研究所建成国家动物学领域的著名研究所。