姓  名: 翟巍巍
学  科: 进化遗传学
电话/传真: +86-10-64801720/+86-10-6808 8167 / 
电子邮件: weiweizhai@ioz.ac.cn
通讯地址: 北京市朝阳区北辰西路1号院5号
中国科学院动物研究所 中国科学院动物进化与系统学重点实验室 100101
更多信息: 进化与群体基因组学研究组     

简历介绍:

翟巍巍,男,博士,研究员,博士生导师,中国科学院动物所进化与群体基因组学研究组组长。2002年毕业于中国科学技术大学生物系,先后在2004和2008年从美国康奈尔大学和加州大学伯克利分校取得生物统计的硕士和群体遗传学博士。2009年6月回到中国科学院北京基因组研究所工作(任副研究员)。2013年9月到2018年6月,在新加坡基因组研究所工作(PI)。2018.6 到中国科学院动物研究所工作,主要从事群体遗传学,体细胞演化以及癌症基因组学,分子进化等研究方向上的研究。

研究领域:

群体遗传学,体细胞进化,肿瘤进化,肿瘤基因组学,分子进化,基因组学,计算生物学。

研究方向:

1.体细胞进化和肿瘤基因组学

体细胞演化是一个新兴的交叉学科。它以多细胞物种里的细胞为研究对象,研究细胞群体进化的动态规律。从2009年开始,我们以肝癌和肺癌细胞群体为研究对象,研究细胞群体的异质性和进化规律 (PNAS 2009, PLOS Genetics 2013, Nat Commun 2017,2018,2021,2023,2024,Nat Genet 2020),阐述适应性进化对细胞群体进化以及疾病发展的推动作用。这个研究方向既有面向进化生物学的基础研究,又有面向临床科学问题的转化研究。

2.检测适应性进化的方法学

在分子进化研究里,如何在大规模重测序序列(n>1000)的基础上检测适应性进化是领域面临的一个重要的科学问题。常见的密码子模型对于小规模的数据(n<100)有了比较好的模型方法,如何在大规模的时间序列的数据上检测适应性进化成为领域的一个难点。从2002年开始,我们一直致力于发展一个基于随机取样的统计学模型(Nielsen 2002),能对适应性进化的动态规律做系统的检测和描绘(Zhai et al 2007, Chen et al 2016 and 2019,2022,Xu et al 2019)。

3.面向自然物种的群体遗传学

从研究生开始,我一直关注包括人在内的自然种群的演化规律,特别是对物种演化历史以及适应性进化特别感兴趣。 这个研究方向涉猎了人(例如尼安德特人的起源进化Green et al 2010), 驯化物种(例如家犬 Wang*, Zhai* et al 2013, Wang*, Zhai*, Yang* and Wang* et al 2016)。在动物所的研究,我们将探索新的模式生物体系(He et al 2023),继续拓展群体遗传学的研究。

社会任职:

获奖及荣誉:

  • 2019年,中国医药生物技术十大进展
  • 2017年,Sanofi-Cell Research outstanding paper award of 2016 (joint work on dog evolution)
  • 2012年,中国科学院青年创新促进会
  • 2010年,AAAS Newcomb Cleveland Prize (Joint work on the Neanderthal project)

承担科研项目情况:

  • 国家自然科学基金重大项目“体细胞进化的模式与机制”课题二, 2023.1-2027.12, 在研,主持
  • 国家自然科学基金面上项目, 用进化基因组学的手段探究癌症的空间异质性的分布和演化, 2020.1-2023.12, 结题,主持

代表论著:

https://scholar.google.com/citations?user=bdjSpNEAAAAJ&hl=en

  1. Chen J, et al, Tam WL#, Zhai W#, Chow PK#, A multimodal atlas of hepatocellular carcinoma reveals convergent evolutionary paths and ‘bad apple’effect on clinical trajectory. J Hepatol. 2024 May 21:S0168-8278(24)00352-0.
  2. Liu X et al, Ma, L#, Jiang, L#, Zhai, W#, Tumor phylogeography revealed block-shaped spatial heterogeneity and the mode of evolution in Hepatocellular Carcinoma, Nat Commun. 2024 15 (1), 3169
  3. Kaya NA*, Tai D#,*, Lim X*, Lim JQ, Lau MC, Goh D, Phua CZJ, Wee FYT, Joseph CR, Lim JCT, Neo ZW, Ye J, Cheung L, Lee J, Loke KSH, Gogna A, Yao F, Lee MY, Shuen TWH, Toh HC, Hilmer A, Chan YS, Lim TK, Tam WL, Choo SP, Yeong J#, Zhai W#. Multimodal molecular landscape of response to Y90-resin microsphere radioembolization followed by nivolumab for advanced hepatocellular carcinoma.J Immunother Cancer. 2023 Aug;11(8):e007106
  4. Liu Z, Wu D, Zhai W#, Ma L#. SONAR enables cell type deconvolution with spatially weighted Poisson-Gamma model for spatial transcriptomics. Nat Commun. 2023 Aug 7;14(1):4727
  5. Zhai W*,#, Lai H*, Kaya N*, Chen J*, Yang H*, Lu B*, et al. Chow PKH#, Dynamic phenotypic heterogeneity and the evolution of multiple RNA subtypes in Hepatocellular Carcinoma: the PLANET study, National Science Review, eCollection 2022 Mar
  6. Chen J, Yang H, Teo ASM, Amer LB, Sherbaf FG, Tan CQ, Alvarez JJS, Lu B, Lim JQ, Takano A, Nahar R, Lee YY, Phua CZJ, Chua KP, Suteja L, Chen PJ, Chang MM, Koh TPT, Ong BH, Anantham D, Hsu AAL, Gogna A, Too CW, Aung ZW, Lee YF, Wang L, Lim TKH, Wilm A, Choi PS, Ng PY, Toh CK, Lim WT, Ma S, Lim B, Liu J, Tam WL, Skanderup AJ, Yeong JPS, Tan EH, Creasy CL, Tan DSW#, Hillmer AM#, Zhai W#. Genomic landscape of lung adenocarcinoma in East Asians. Nat Genet. 2020 Feb;52(2):177-186
  7. Xu M*, Yao Y*, Chen H*, Zhang S*, et al Zhai W#, Zeng YX#, Liu J#. Genome sequencing analysis identifies Epstein-Barr virus subtypes associated with high risk of nasopharyngeal carcinoma., Nat Genet. 2019 Jul;51(7):1131-1136. (co-corresponding author).
  8. Chen H, Alvarez JJS, Ng SH, Nielsen R, Zhai W. Passage adaptation correlates with the reduced efficacy of the influenza vaccine. Clinical Infectious Disease 2019 Sep 13;69(7):1198-1204.
  9. Zhai W*,#, Lim TK*, Zhang T*, Phang ST, Tiang Z, Guan P, Ng MH, Lim JQ, Yao F, Li Z, Ng PY, Yan J, Goh BK, Chung AY, Choo SP, Khor CC, Soon WW, Sung KW, Foo RS#, Chow PK# "The spatial organization of intra-tumour heterogeneity and evolutionary trajectories of metastases in hepatocellular carcinoma." Nat Commun 2017 Feb 27 ; 8 : 4565 (* Joint first, # Correspond ing authors)
  10. Chen H, Deng Q, Ng SH, Lee RT, Maurer-Stroh S, Zhai W "Dynamic Convergent Evolution Drives the Passage Adaptation across 48 Years' History of H3N2 Influenza Evolution." Mol Biol Evol 2016 Sep 7 Epub 2016 Sep 7
  11. Wang GD*, Zhai W*, Yang HC*, Wang L*, Zhong L, Liu YH, Fan RX, Yin TT, Zhu CL, Poyarko v AD, Irwin DM, Hytonen MK, Lohi H, Wu CI, Savolainen P#, Zhang YP# "Out of southern East Asia: the natural history of domestic dogs across the world." Cell Res 2015 Dec 15 (* Equal contribution, Cover story)
  12. Hu Z, Fu YX, Greenberg AJ, Wu CI#, Zhai W# "Age-dependent transition from cell-level to population-level control in murine intestinal homeostasis revealed by coalescence analysis." PLoS Genet 2013 ; 9(2) : e1003326 Epub 2013 Feb 28 (# co-corresponding author)
  13. Zhai W, Nielsen R, Goldman N, Yang Z "Looking for Darwin in genomic sequences--validity and success of statistical methods." Mol Biol Evol 2012 Oct ; 29(10) : 2889-93 Epub 2012 Apr 3
  14. Green RE*, Krause J*, Briggs AW*, Maricic T*, Stenzel U*, Kircher M*, Patterson N*, Li H, Zhai W, Fritz MH, Hansen NF, Durand EY, Malaspinas AS, Jensen JD, Marques-Bonet T, Alkan C, Prüfer K, Meyer M, Burbano HA, Good JM, Schultz R, Aximu-Petri A, Butthof A, Hober B, Hoffner B, Siegemund M, Weihmann A, Nusbaum C, Lander ES, Russ C, Novod N, Affourtit J, Egholm M, Verna C, Rudan P, Brajkovic D, Kucan Z, Gusic I, Doronichev VB, Golovanova LV, Lalueza-Fox C, de la Rasilla M, Fortea J, Rosas A, Schmitz RW, Johnson PL, Eichler EE, Falush D, Birney E, Mullikin JC, Slatkin M, Nielsen R, Kelso J, Lachmann M, Reich D, Paabo S "A draft sequence of the Neandertal genome." Science 2010 May 7 ; 328(5979) : 710-22
  15. Zhai W, Nielsen R, Slatkin M "An investigation of the statistical power of neutrality tests based on comparative and population genetic data." Mol Biol Evol 2009 Feb ; 26(2) : 273-83 Epub 2008 Oct 14

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