刘山林，博士，研究员，博士生导师，中国科学院动物研究所适应进化与生态互作研究组组长。入选中国科学院引才计划。2007年和2010年分别在湖南师范大学动物学系获得学士和硕士学位，2018年在丹麦哥本哈根大学自然历史博物馆获得进化基因组学博士，2019 – 2023年期间在中国农业大学以博士后和副教授开展科研工作。长期从事动物多样性形成及其全球变化应对相关研究，目前围绕东方蜜蜂为代表的传粉昆虫展开工作。作为第一及通讯作者（含共同）在Cell,Nucleic Acid Research,Food Chemistry,Bioinformatics等期刊发表科研论文。论文总引用超过1万次，个人H指数为41（谷歌学术），科睿唯安统计的全球高被引科学家之一。担任Ecological entomology、Zoological Research: Diversity and Distribution期刊编委。

动物分子分类、保护基因组学、古基因组学、蜜蜂学

研究方向:

课题组主要围绕传粉昆虫多样性及其全球变化应对开展研究工作，通过分子分类、基因组学、古生物学等方法，进行野生动物资源的发现和科学分类，探讨物种形成过程中的演化和适应机制，以及物种多样性维持和生态服务功能等相关问题。将主要围绕如下两个方向开展研究工作：

1.物种多样性快速鉴定新技术开发：利用DNA分子条形码，结合高通量测序对混合样品（“生物汤”）和环境DNA（eDNA）进行物种多样性的快速鉴定，为物种的发现和科学分类提供技术支持，为进一步理解种间互作关系、物种多样性应对全球变化的响应及其维持机制提供数据支持。

2.利用馆藏历史标本的系统发育和适应性演化研究：利用馆藏标本所记录历史多样性信息，通过与当代现生样品的比较，结合组学大数据，解析生物类群的系统发育关系以及种内遗传多样性演变，在演化框架下探明全球变化影响下物种形成和濒危过程中适应性演化机制，为进一步完善现代综合演化理论提供遗传基因组演化证据。

（*通讯作者）

动物进化方向：

Qiu L,Dong J,Li X,Parey SH,Tan K,Orr M,Majeed A,Zhang X,Luo S,Zhou X,Zhu C,Ji T,Niu Q,Liu S*,Zhou X. Defining honeybee subspecies in an evolutionary context warrants strategized conservation. Zool Res. 2023 May 18;44(3):483-493. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.414.

Liu S*,Westbury MV,Dussex N,Mitchell KJ,Sinding MS,Heintzman PD,Duchêne DA,Kapp JD,von Seth J,Heiniger H,Sánchez-Barreiro F,Margaryan A,André-Olsen R,De Cahsan B,Meng G,Yang C,et al. Ancient and modern genomes unravel the evolutionary history of the rhinoceros family. Cell. 2021 Sep 16;184(19):4874-4885.e16. doi: 10.1016/j.cell.2021.07.032.

van der Valk T,Pečnerová P,Díez-Del-Molino D,Bergström A,Oppenheimer J,Hartmann S,Xenikoudakis G,Thomas JA,Dehasque M,Sağlıcan E,Fidan FR,Barnes I,Liu S,Somel M,et al.,Million-year-old DNA sheds light on the genomic history of mammoths. Nature. 2021 Mar;591(7849):265-269. doi: 10.1038/s41586-021-03224-9.

Misof B*^#,Liu S^#,Meusemann K^#,Peters RS^#,Donath A^#,Mayer C^#,Frandsen PB^#,Ware J^#,Flouri T^#,Beutel RG^#,Niehuis O^#,Petersen M^#,Izquierdo-Carrasco F^#,Wappler T^#,Rust J^#,Aberer AJ,Aspöck U,Aspöck H,Bartel D,et al.,Phylogenomics resolves the timing and pattern of insect evolution. Science. 2014 Nov 7;346(6210):763-7. doi: 10.1126/science.1257570. (^#Major Contributors)

分子分类和生物信息方向：

Yang C,Zheng Y,Tan S,Meng G,Rao W,Yang C,Bourne DG,O'Brien PA,Xu J,Liao S,Chen A,Chen X,Jia X,Zhang AB,Liu S*. Efficient COI barcoding using high throughput single-end 400 bp sequencing. BMC Genomics. 2020 Dec 4;21(1):862. doi: 10.1186/s12864-020-07255-w.

Lang D,Zhang S,Ren P,Liang F,Sun Z,Meng G,Tan Y,Li X,Lai Q,Han L,Wang D,Hu F,Wang W,Liu S*. Comparison of the two up-to-date sequencing technologies for genome assembly: HiFi reads of Pacific Biosciences Sequel II system and ultralong reads of Oxford Nanopore. Gigascience. 2020 Dec 15;9(12):giaa123. doi: 10.1093/gigascience/giaa123.

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Meng G,Li Y,Yang C,Liu S*. MitoZ: a toolkit for animal mitochondrial genome assembly,annotation and visualization. Nucleic Acids Res. 2019 Jun 20;47 (11):e63. doi: 10.1093/nar/gkz173

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Liu S,Li Y,Lu J,Su X,Tang M,Zhang R,Zhou L,et al. SOAPBarcode: revealing arthropod biodiversity through assembly of Illumina shotgun sequences of PCR amplicons. Methods in Ecology and Evolution. 2013. 4: 1142-1150.