张金阳，博士，副研究员。主要研究方向为非编码RNA相关计算方法学开发，利用生物组学大数据探索非编码RNA的组成结构及调控功能。以第一/通讯（含共同）作者在Nature Biotechnology，Nature Cell Biology，Nature Communications，Nucleic Acids Research，Nature Protocols，Advanced Science，Trends in Biochemical Sciences等学术期刊发表论文11篇，多个工作入选ESI高被引论文。研究成果入选2019与2021年度中国生物信息学十大进展。获得中国科学院院长特别奖、北京市优秀毕业生、中国科学院优秀博士学位论文。作为项目负责人，主持国家自然科学基金项目2项，2022年度博士后创新人才支持计划，博士后第72批面上资助项目及中国科学院特别研究助理资助项目。

教育经历：

2011.09 - 2015.07，北京大学生命科学学院，生物科学专业，本科

2015.09 - 2021.07，中国科学院大学生命科学学院（北京生命科学研究院），遗传学专业，博士

工作经历：

2021.08 – 2023.07，中国科学院动物研究所，特别研究助理（博士后）

2023.07 - 至今，中国科学院动物研究所，副研究员

围绕非编码RNA的组成结构及调控功能问题，开发新型生物信息学分析算法及实验技术，高效解析环形RNA组成和结构，并利用人工智能模型探究环形RNA的生成调控机制与生物学功能。

1. Zhang J^#, Hou L^#, Ma L^#, Cai Z, Ye S, Liu Y, Ji P, Zuo Z, Zhao F. Real-time and programmable transcriptome sequencing with PROFIT-seq. Nature Cell Biology, 2024, (Accepted)
2. Zhou Z^#, Zhang J^#, Zheng X, Pan Z, Zhao F*, Gao Y*. CIRI-deep Enables Single-cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Circular RNAs with Deep Learning. Advanced Science, 2024, 11, e2308115
3. Wu W, Zhao F*, Zhang J*. circAtlas 3.0: a gateway to 3 million curated vertebrate circular RNAs through a standardized nomenclature scheme. Nucleic Acids Research, 2023, gkad770
4. Hou L^#, Zhang J^#*, Zhao F*. Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long. Nature Protocols, 2023, 18, 1795–1813
5. Wu W^#, Zhang J^#, Zhao F. Exploring the cellular landscape of circular RNAs using full-length single-cell RNA sequencing. Nature Communications, 2022, 13, 3242.
6. Chen S^#, Cao X^#, Zhang J^#, Wu W, Zhang B, Zhao F. circVAMP3 drives CAPRIN1 phase separation and inhibits hepatocellular carcinoma by suppressing c-Myc translation. Advanced Science, 2022, 9(8): e2103817.
7. Chen S^#, Zhang J^#, Zhao F. Screening linear and circular RNA transcripts from stress granules. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2022
8. Zhang J & Zhao F. Characterizing circular RNAs using nanopore sequencing. Trends in Biochemical Sciences. 2021, 46, 785–786
9. Zhang J & Zhao F. Reconstruction of circular RNAs using Illumina and Nanopore RNA-seq datasets. Methods, 2021, 196, 17–22
10. Zhang J^#, Hou L^#, Zuo Z^#, Ji P, Zhang X, Xue Y, Zhao F. Comprehensive profiling of circular RNAs with nanopore sequencing and CIRI-long. Nature Biotechnology, 2021, 39, 836–845.
11. Zhang J, Chen S, Yang J, Zhao F. Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform switching events. Nature Communications, 2020, 11(1), 90.