任仙文博士，HOPE装置研究员，博士生导师。2004年毕业于南开大学，获得生物科学、信息与计算科学双学位。2007年毕业于军事医学科学院，获得遗传学硕士学位。2010年毕业于中国科学院数学与系统科学研究院，获得运筹学与控制论博士学位。2010年至2016年于中国医学科学院病原生物学研究所工作，从事基于宏基因组学测序的病原体筛查鉴定工作，参与完成了H7N9、H10N8、MERS等新发突发疫情的病原鉴定工作，参与完成了中国蝙蝠与啮齿类动物携带病毒谱的绘制工作，相关成果获得高等学校优秀科学技术成果奖科技进步奖一等奖（2016年）。2016年至2021年于北京大学生物医学前沿创新中心工作，从事基于单细胞转录组测序的肿瘤免疫研究，参与完成了肝癌、肺癌、结直肠癌等癌种肿瘤微环境与免疫特征的分析，开发了STARTRAC、CSOmap、PhenoAligner等单细胞数据分析算法，相关成果获得北京市科学技术成果奖自然科学奖一等奖（2020年）。2021年至2025年于昌平国家实验室重大新发突发传染病部工作，从事基于单细胞与空间组测序的计算免疫学研究，开发了Redeconve、RedeFISH、RedeHist、RedeVIZ等单细胞空间组数据分析算法，参与完成了新型冠状病毒急性感染导致不同严重程度病症与新冠后遗症的免疫机制的解析，参与完成了乙型肝炎病毒感染导致免疫耐受、免疫活化、病毒清除的免疫机制的解析，相关成果获得中源协和生命医学创新突破奖（2022年）。2025年7月全职加入中国科学院动物研究所，参与人类器官生理病理模拟装置（HOPE）建设，主要研究方向为数字器官与数智医学。主持与参与国家自然科学基金委优秀青年项目、国家重大科技专项与国家重点研发计划等项目。以第一作者或通讯作者身份（含共同）在 Cell, Cancer Cell, Cell Research, Gut, Blood, Nature Communications, Emerging Infectious Diseases等国内外权威期刊上发表研究成果。担任Cell、Immunity、Nature Genetics等期刊独立审稿人，Journal of Leukocyte Biology等期刊编委, 中国免疫学会、中国细胞生物学会、中国生物信息学会（筹）等多家专委会委员。

2024年诺贝尔物理学奖、化学奖都颁给了人工智能（AI），标志着科学研究新范式的开始，即产生大数据、AI建模、AI预测、实验验证、产生新的大数据的闭环，这一研究新范式对于复杂科学具有突破性意义。生命科学作为复杂科学的皇冠，是这一研究新范式的重要应用场景。我们拟综合应用单细胞测序、空间组测序、病理染色等技术，开发AI算法，围绕数字器官构建与数智医学诊治进行研究。

（#第一作者, *通讯作者，含共同）

1. Ren Xianwen^(#), Wen Wen^(#), Fan Xiaoying^(#), Hou Wenhong^(#), Su Bin^(#), Cai Pengfei^(#), Li Jiesheng^(#), Liu Yang^(#), Tang Fei^(#), Zhang Fan^(#), Yang Yu^(#), He Jiangping^(#), Ma Wenji^(#), He Jingjing^(#), Wang Pingping^(#), Cao Qiqi, Chen Fangjin, Chen Yuqing, Cheng Xuelian, Deng Guohong, Deng Xilong, Ding Wenyu, Feng Yingmei, Gan Rui, Guo Chuang, Guo Weiqiang, He Shuai, Jiang Chen, Liang Juanran, Li Yi-min, Lin Jun, Ling Yun, Liu Haofei, Liu Jianwei, Liu Nianping, Liu Shu-Qiang, Luo Meng, Ma Qiang, Song Qibing, Sun Wujianan, Wang GaoXiang, Wang Feng, Wang Ying, Wen Xiaofeng, Wu Qian, Xu Gang, Xie Xiaowei, Xiong Xinxin, Xing Xudong, Xu Hao, Yin Chonghai, Yu Dongdong, Yu Kezhuo, Yuan Jin, Zhang Biao, Zhang Peipei^(#), Zhang Tong, Zhao Jincun, Zhao Peidong, Zhou Jianfeng, Zhou Wei, Zhong Sujuan, Zhong Xiaosong, Zhang Shuye, Zhu Lin, Zhu Ping, Zou Bin, Zou Jiahua, Zuo Zengtao, Bai Fan, Huang Xi, Zhou Penghui^(*), Jiang Qinghua^(*), Huang Zhiwei^(*), Bei Jin-Xin^(*), Wei Lai^(*), Bian Xiu-Wu^(*), Liu Xindong^(*), Cheng Tao^(*), Li Xiangpan^(*), Zhao Pingsen^(*), Wang Fu-Sheng^(*), Wang Hongyang^(*), Su Bing^(*), Zhang Zheng^(*), Qu Kun^(*), Wang Xiaoqun^(*), Chen Jiekai^(*), Jin Ronghua^(*), Zhang Zemin^(*), COVID-19 immune features revealed by a large-scale single cell transcriptome atlas, Cell, 2021 Apr 1;184(7):1895-1913.e19.
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