邹征廷，男，博士，博士生导师，中国科学院动物研究所计算分子进化研究组组长。

2009 – 2013 学士，生物科学，北京大学

2013 – 2017 博士，生物信息学，密歇根大学

2017 – 2020 博士后，生态与演化系，密歇根大学

2020.9 至今 研究组长，中国科学院动物研究所

分子演化与系统发育，计算生物学，深度学习应用，比较基因组学，演化发育生物学

研究方向：

本研究组的主要研究兴趣为分子序列的演化模式规律以及分析方法，以计算生物学为主要手段，基于比较分析、统计检验、理论模拟、机器学习等方法探究领域内核心前沿问题。研究方向包括：

1. 分子序列的演化模式和规律

作为对DNA和蛋白质序列演化过程的数学建模，分子演化模型是生物信息学分析的核心工具之一。近年来随着大量组学数据的积累分析，我们对分子序列演化的模式和规律有了更多的认识。例如，不同物种之间、不同基因组序列位点之间存在演化速率等特征的异质性（heterogeneity），以及分子序列的不同位点可能因为在生化过程中发生相互作用而发生共演化（coevolution）等等。研究组希望基于可用的多物种序列数据，探究这些序列演化模式的生物学机制和影响因素，以及如何结合和利用这些特征进行分子演化和系统发育分析，对适应性演化和系统发育等演化事件和过程进行更准确的刻画。

2. 深度学习在演化生物学中的应用（AI for Evolution）

深度学习是近年来快速发展的计算方法，能够基于大数据进行复杂模式提取和预测。在生命系统中，从基因组分子序列到生物体形态功能的“基因型-表型”映射（genotype-phenotype mapping）具有复杂的高阶关系，难以刻画。我们希望基于深度学习模型方法，提取基因组、蛋白质、表型等数据中的复杂高阶特征，进行系统发育、适应性演化等演化模式的识别、预测；同时利用可解释性分析等技术，探究表型功能的分子机理。

3. 其他方向

我们对分子和形态学表型演化、特定生物类群的基因组适应性演化等方向也有广泛的兴趣。

计算生物学需要一定的数学和计算技能及经验。但在对生物学现象规律有兴趣的基础上，自学所需知识和技术的能力、对研究问题的本质理解、发现问题解决问题的思路和能力、严谨的批判性思维、实事求是的科研态度和投入更为重要。欢迎有志进行前沿科学研究的同学联系了解。

（#共同第一作者，*通讯作者）

17.Masubuchi T, Chen L, Marcel N, Wen GA, Caron C, Zhang J, Zhao Y, Morris GP, Chen X, Hedrick SM, Lu LF, Wu C, Zou Z*, Bui JD*, Hui E*. Functional differences between rodent and human PD-1 linked to evolutionary divergence. Sci. Immunol., 2025, 10:eads6295. doi:10.1126/sciimmunol.ads6295.

16.Lu Y, Ballerio A, Wang S, Zou Z, Gorb SN, Wang T, Li L, Ji S, Zhao Z, Li S, Tong Y, Chen Y, Zhuo D, Luo C, Zhang W, Liu N, Gu Q, Bai M. The evolution of conglobation in Ceratocanthinae. Commun. Biol., 2022, 5:1–14. doi:10.1038/s42003-022-03685-2.

15. Si S, Xu X*, Zhuang Y, Gao X, Zhang H, Zou Z*, and Luo SJ*. The genetics and evolution of eye color in domestic pigeons (Columba livia). PLOS Genet., 2021, 17:e1009770. doi: 10.1371/journal.pgen.1009770.

14. Zou Z, and Zhang J. Are nonsynonymous transversions generally more deleterious than nonsynonymous transitions? Mol. Biol. Evol., 2021, 38:181-191. doi: 10.1093/molbev/msaa200.

13.Lyons DM*, Zou Z*, Xu H, Zhang J. Idiosyncratic epistasis creates universals in mutational effects and evolutionary trajectories. Nat. Ecol. Evol., 2020, 4:1685-1693. doi: 10.1038/s41559-020-01286-y.

12. Zou Z, and Zhang J. The nature and phylogenomic impact of sequence convergence. Phylogenetics in the Genomic Era (C. Scornavacca, et al., eds). No commercial publisher | Authors open access book, pp.4.6:1-4.6:17, 2020. ffhal-02536347

11. Zou Z^#, Zhang H^#, Guan Y, Zhang J. Deep residual neural networks resolve quartet molecular phylogenies. Mol. Biol. Evol., 2020, 37:1495-1507. doi: 10.1093/molbev/msz307.

10.Zhang  W, Xu X, Yue B, Hou R, Xie J, Zou ZT, Han Y, Shen F, Zhang L, Xie Z, Yuan Y, Yin Y, Fu W, Chen D, Huang W, Liu Z, Tang Y, Zhao B, Zhang Q, Chen W, Zhang R, Chen J, Luo SJ, Zhang Z. Sorting out the genetic background of the last surviving South China tigers. J. Hered., 2019, 110: 641–650.doi: 10.1093/jhered/esz034.

9. Zou Z, and Zhang J. Amino acid exchangeabilities vary across the tree of life. Sci. Adv., 2019, 5: eaax3124. doi: 10.1126/sciadv.aax3124.

8. Ding X, Zou Z, Brooks III CL. 2019. Deciphering protein evolution and fitness landscapes with latent space models. Nat. Commun., 10: 5644. doi: 10.1038/s41467-019-13633-0.

7. Zou Z, and Zhang J. Gene tree discordance does not explain away the temporal decline of convergence in mammalian protein sequence evolution. Mol. Biol. Evol., 2017, 34: 1682-1688. doi: 10.1093/molbev/msx109.

6. Zou Z, and Zhang J. Morphological and molecular convergences in mammalian phylogenetics. Nat. Commun., 2016, 7: 12758. doi: 10.1038/ncomms12758.

5. Oetjens MT, Shen F, Emery SB, Zou Z and Kidd JM. 2016. Y-Chromosome structural diversity in the bonobo and chimpanzee lineages. Genome Biol. Evol., 8: 2231-2240. doi: 10.1093/gbe/evw150.

4. Zou Z, and Zhang J. Are convergent and parallel amino acid substitutions in protein evolution more prevalent than neutral expectations? Mol. Biol. Evol., 2015, 32: 2085-2096.doi: 10.1093/molbev/msv091.

3. Zou Z, and Zhang J. No genome-wide convergence for echolocation. Mol. Biol. Evol., 2015, 32: 1237-1241. doi: 10.1093/molbev/msv014.

2. Zou Z-T, Uphyrkina O, Fomenko P, Luo S-J. The development and application of a multiplex short tandem repeat (STR) system for identifying subspecies, individuals and sex in tigers. Integr. Zool., 2015, 10: 376-388. doi:10.1111/1749-4877.12136.

1.Xu X, Dong GX, Hu XS, Miao L, Zhang XL, Zhang DL, Yang HD, Zhang TY, Zou ZT, Zhang TT, Zhuang Y, Bhak J, Cho YS, Dai WT, Jiang TJ, Xie C, Li R, Luo SJ. The genetic basis of white tigers. Curr. Biol., 2013, 23:1031–1035. doi:10.1016/j.cub.2013.04.054.