2007年11月15日，中国科学技术信息研究所在京召开了“2006年度中国科技论文统计结果”发布会。据信息所发布数据显示，2006年度SCI共收录中国科学院动物研究所为第一作者单位的文献214篇，其中论文207篇，按后者数量排序，在全国科研机构中排名第17位。2006年度我所共有223篇SCI论文累计被引用524次，在全国科研机构中排名第20位。2006年MEDLINE（美国《医学索引》）收录中国科学院动物研究所为第一作者单位的论文99篇，在全国科研机构中排名第10位。2006年度动物研究所在生物学领域发表SCI论文157篇，排在全国第9位，列中科院系统第2位。

自2002年度以来，我所发表SCI论文篇数已连续五年进入全国科研机构前20名，SCI被引篇数连续两年进入全国科研机构前20名。自2004年度新增MEDLINE论文统计以来，我所发表MEDLINE论文篇数连续三年进入全国科研机构前20名。