为了贯彻落实党和国家领导人提出的“全国科技界携手共同建设中国特色的国家创新体系”指示精神，落实路甬祥院长提出的“充分发挥国家科研机构的骨干和引领作用，充分发挥大学的基础作用和生力军作用”指示精神，探索贯彻新形势下“全院办校，所系结合”方针的新途径、新模式和新内涵， 动物所与中国科学技术大学经协商决定，开展全面合作。2008年9月14日，动物所与中国科学技术大学在安徽省合肥市签定了全面合作协议。协议中指出，双方将在学科建设和人才培养、科学研究和学术交流、队伍建设等多方面开展合作，包括联合培养研究生，联合申报和承担国家、中科院以及其他重大（重点）科技项目和科研课题，互派专家学者到对方讲学等等。同时，动物所与中国科学技术大学生命科学学院签定了研究生联合培养协议，细化了联合培养研究生的具体方案。

中国科学院动物研究所孟安明常务副所长在签字仪式上提出，中国科学技术大学是非常优秀的大学，我们很高兴有机会与这样的大学合作。我们将本着“资源共享，优势互补，学科互补”的原则，开展多种形式的合作，尽快将合作落实到实处、产生实效，并使我们的合作成为校所合作的典范。

出席签字仪式的双方领导有：动物所常务副所长孟安明院士、中国科学技术大学常务副书记徐武教授、中国科学技术大学生命科学学院院长牛立文教授及院党委书记滕脉坤教授。出席签字仪式的嘉宾包括广州生物医药与健康研究院院长裴端卿研究员、昆明动物所书记杨君兴研究员、上海生科院吴家睿研究员等。