据2008年度中国科技论文统计结果显示，2007年度SCI共收录中国科学院动物研究所为第一作者单位的文献259篇，其中论文238篇，在全国科研机构中排名第11位，在生物学领域排名全国第8位。2007年度动物研究所共有297篇SCI论文累计被引用731次，在全国科研机构中排名第16位。2007年MEDLINE(美国《医学索引》)收录中国科学院动物研究所为第一作者单位的论文128篇，在全国科研机构中排名第6位。

　　到目前为止，动物研究所发表SCI论文篇数已连续六年进入全国科研机构前20名，SCI被引篇数连续三年进入全国科研机构前20名，发表MEDLINE论文篇数连续两年进入全国科研机构前10名。

　　自进入知识创新工程二期以来，动物研究所按照院党组的统一部署，在科技目标凝炼、科研结构调整、体制改革、机制转换和人才队伍建设等方面开展了卓有成效的工作，科技创新能力得到显著提升，国际、国内影响明显扩大；与国内其他创新单元的合作更为密切；解决国家需求、服务国家公益事业的作用和能力得到了加强。2008年，在中科院三期创新“2+3”调整评估中，动物研究所成功升档为优秀研究所。