2009年5月15日，由院生物局现代农业创新基地和动物研究所共同主持的中国科学院绿色农业技术集成与发展中心（简称“中心”）研讨会在动物研究所召开，院生物局现代农业创新基地段子渊处长、动物研究所魏辅文副所长、孙江华所长助理以及20多位来自院属相关领域研究所的技术负责人和合作企业代表参加了会议。在会上，段子渊处长介绍了中心的筹备和申请过程，并对中心下一步的工作重点提出的具体要求；魏辅文副所长表示研究所将从办公条件、人员配置和项目组织方面全力支持中心的工作；孙江华研究员介绍了中心的整体情况和发展布局。

2008年初，为落实路院长“…将生物农药、缓释农肥、抗逆品系等绿色农业技术组织起来，成立绿色农业或生态农业研究发展中心…”的战略意图，在院生物局的领导和组织下，来自动物研究所、成都生物所、地理所和合肥等离子所等相关研究所的领域专家开始进行中心申请的前期准备工作。经过一年多的共同努力，中心的可行性方案于今年4月3日通过了院长办公会。中心由管理委员会、科技委员会、办公室和分中心组成，中心办公室挂靠动物研究所，分中心包括生物农药分中心、作物品种分中心、果蔬花卉分中心、绿色抗逆制剂分中心、高效环保肥料分中心、节水设施分中心和绿色农业信息服务分中心。会议批准支持中心100万元启动经费，支持8个分中心100万元左右的方向性项目经费，支持中心及各分中心31个创新岗位。

根据项目成熟一批启动一批的原则，中心第一批启动的项目包括：绿色蔬菜项目（生物农药分中心）、优质果品项目（果蔬花卉分中心）、优质高产品种项目（作物品种分中心）、盐碱地高效种植项目（节水设施分中心）和农业信息项目（绿色农业信息服务分中心）。