经研究发现，返流入腹腔的子宫内膜在盆腹腔突破腹膜及器官“防线”，在“异域”生根、生长以至生病的过程中，要经过粘附（Attachment）、侵袭（Aggression）和血管形成（Angiogensis）等三个关键的分子与病理步骤，称之为“3A模式”。同时发现，内异症患者和正常妇女的在位子宫内膜之间，与“3A”过程有关的分子表达有显著差异，内异症患者在位内膜的“3A”能力明显增强，其内膜逆流进入腹腔后，能够突破机体的防御体系，导致疾病的发生。研究者通过分子、基因、动物模型和蛋白组学分析，找到了二者之间的差异。在内异症患者子宫内膜中克隆出8个在Genebank数据库不能找到同源序列的基因，揭示了两类人群其本质是基因差异。在此基础上，课题主要负责人、中华医学会妇产科学分会主任委员、北京协和医院妇产科主任郎景和教授等在国际上首次提出新的内异症病因假说——在位内膜决定论，即内异症发病与否取决于患者在位内膜的特性，经血逆流只是实现这一由潜能到发病的桥梁。这一学说是对Sampson经血逆流种植学说的重大修正，很好地解释了大多数妇女有经血返流但仅一部分妇女患病的现象，引起了国际同行的高度关注。课题组还应用蛋白指纹图谱分析SELDI-TOF芯片技术，在内异症患者内膜上找到了27个差异蛋白质峰，从蛋白组学层面验证了“在位内膜决定论”。基于对上述发病机制的新认识，研究组首次提出了“源头治疗”的新型预防和治疗策略，即通过改变在位子宫内膜的生物学和组织学特性从源头上预防和治疗内异症。还探索了基因芯片、蛋白指纹等新的诊断模式，目的是早期诊断与筛查内异症患者。
　　在国内首次成功构建了多种内异症动物（体外）模型，为深入研究发病机制和探索“源头治疗”方法提供了重要平台。在猕猴中建立的内异症模型不但验证了Sampson的种植学说，更重要的是说明了遗传相关性和在位内膜差异在发病中的决定性作用，为“内膜决定论”提供了佐证。
　　深入研究了性激素及细胞因子在发病中的作用，为寻找新的临床对策提供理论和实验基础，如芳香化酶抑制剂、环氧合酶抑制剂及降低肿瘤坏死因子α及RANTES水平等“靶向治疗”。